应用案例RNA电泳可以使用DNA Marker吗？

准备进行RNA电泳时，发现手边只有DNA Marker。RNA和DNA都是核酸，看起来差不多，那DNA Marker能用来指示RNA大小吗？还是说必须购买专门的RNA Marker？这个问题看似简单，但涉及RNA与DNA在结构、构象和电泳行为上的本质差异。本文将详细解释这些差异，告诉你什么情况下可以凑合用，什么情况下必须严格区分。

原则上RNA电泳是不能直接使用DNA Marker的。

RNA和DNA的结构存在显著差异。DNA主要呈双螺旋结构，而RNA通常是单链。且RNA可以折叠形成复杂的二级结构，比如茎环结构、假结结构等；RNA构象多变导致在普通琼脂糖凝胶电泳时，RNA的迁移速度不仅取决于分子量，还很大程度上取决于它折叠程度。

此外RNA对RNase很敏感，且RNase无处不在，使得RNA非常容易降解。

因此，RNA电泳通常要跑变性胶，先通过变性处理把RNA的二级结构打开，让迁移率只和分子量相关。

但有些情况，DNA Marker确实可以“凑合用”

主要看实验目的是什么，许多实验一般会使用DL2000的Marker（如Yeasen Cat#10501ES）或100 bp ladder（Yeasen Cat#10507ES）等结合普通琼脂糖凝胶电泳检测RNA。

以下是比较常见的“凑合”场景：

• 快速检测RNA完整性：比如提完RNA，想看看有没有降解。这时候不需要精确大小，只要能看到条带清晰、没有拖尾。不过这种情况下也可以不用点Marker；

图1：使用翌圣的RNA提取试剂（货号10606ES），从HeLa细胞、293T细胞、肝组织和肿瘤细胞中提取RNA。

将提取的RNA进行琼脂糖凝胶电泳，电泳图如下图所示。结果显示：28S与18S的比值约为2:1，条带完整清晰。

• 粗略判断RNA大小范围：比如确定体外转录产物或纯化的RNA的预期大小，此时可以采用普通琼脂糖凝胶电泳粗略判断大小。在预期1000nt的mRNA，在胶上位置应该比DNA Marker的1 kb条带稍低一点（靠下），因为跑得快，通常位置可能在DNA Marker 500bp~800bp之间。

总结：如果要精确分子量测定，如RNA测序验证、核酶活性分析等，则绝对不可以使用DNA Marker。必须使用相应的RNA Marker或已知大小的转录本。此外变性电泳也不建议使用DNA Maker，误差会比较大。

翌圣琼脂糖凝胶电泳完整解决方案