Case Studies基于MGISP-960自动化平台的水稻叶片DNA文库构建方法
水稻是保障粮食安全的核心粮食作物，叶片作为其光合代谢与逆境响应的关键器官，通过基因组测序解析其基因表达规律，对水稻分子机制研究与种质改良至关重要。DNA-seq是水稻基因组研究的核心技术，而文库构建质量直接决定测序数据可靠性。传统人工建库操作繁琐、误差较大、批次差异显著，难以适配大批量样本测序需求。为解决该问题，本文建立基于自动化平台的水稻叶片DNA文库构建
水稻是保障粮食安全的核心粮食作物，叶片作为其光合代谢与逆境响应的关键器官，通过基因组测序解析其基因表达规律，对水稻分子机制研究与种质改良至关重要。DNA-seq是水稻基因组研究的核心技术，而文库构建质量直接决定测序数据可靠性。传统人工建库操作繁琐、误差较大、批次差异显著，难以适配大批量样本测序需求。为解决该问题，本文建立基于自动化平台的水稻叶片DNA文库构建方法，通过标准化自动化操作，有效规避人工误差，提升建库稳定性与通量，可为水稻高通量转录组研究提供高效可靠的技术支撑。
目的：建立适用于水稻叶片的全基因组重测序自动化建库流程
平台：MGISP-960（华大智造）
样本类型：水稻叶片
下游应用：SNP/Indel 检测、群体遗传学、分子育种
建库试剂盒：Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V4 一步法DNA酶切建库试剂盒V4
货号：12972ES
文库类型：华大
自动化简版流程
流程分类 | 流程（其他设置默认按12972说明书内容执行，说明书可依据货号在官网搜索下载） |
1 DNA片段化/末端修复/dA尾添加 | ① 加入样本，样本投入量：200 ng （人工）； ② 进行片段化，片段程序选择35℃-15min。 |
2 接头连接 | 提前将接头从10 μM稀释到5 μM（人工），加入片段化产物和连接试剂，进行连接程序孵育。 |
3 连接产物纯化和分选 | ① 对连接产物进行纯化，磁珠比例为0.8×； ② 对纯化产物进行片段分选，分选1磁珠比例：0.62×，分选2磁珠比例：0.15x。 |
4 文库扩增 | 将分选产物和扩增试剂混匀，进行扩增程序富余，扩增循环数选择6 cc。 |
5 扩增产物纯化 | 对扩增产物进行纯化，磁珠比例为0.9×。 |
6 建库结束 | 建库结束，弹窗提醒人工取走文库。 |
案例结果展示（检测仪器：Qubit 4.0）
物种 | Qubit浓度（ng/μL) | 文库体积（μL） | 总产量（ng） |
水稻A | 43 | 25 | 1075 |
水稻B | 37.8 | 25 | 945 |
水稻C | 38.4 | 25 | 960 |
水稻D | 37 | 25 | 925 |
水稻E | 42 | 25 | 1050 |
水稻F | 38.8 | 25 | 970 |
水稻G | 33.8 | 25 | 845 |
水稻H | 39.6 | 25 | 990 |
片段大小图（抽检，检测仪器：Qsep）
结论：文库浓度均在30-45 ng/μL之间，片段大小在450 bp左右，满足后续上机测序需求。
相关核心产品目录
应用 | 产品货号 | 产品名称 |
RNA建库 | Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V4 一步法DNA酶切建库试剂盒V4 | |
接头 | Hieff NGS® Unique Dual Barcode Primer Kit for MGI®, Set1（板式MGI平台接头，双端唯一短接头，Set1） | |
纯化磁珠 | Hieff NGS® DNA selection Beads (Superior Ampure XP alternative)DNA纯化分选磁珠 | |
自动化耗材 | 0.2 mL 96孔PCR板，白色，全裙边（NGS，伯乐款） | |
96孔深孔板，U底（1.3 mL) | ||
250 μL盒装滤芯透明无菌吸头 | ||
荧光定量QPCR压敏封板膜，内附刮板 | ||
文库浓度测定 | 1× dsDNA HS Assay Kit 即用型dsDNA qubit定量试剂 | |
Qubit专用检测管 | ||
核酸定量仪荧光计Qubit（单通道） | ||
文库条带大小检测 | GoldBand 100 bp plus DNA Ladder | |
YeaRed Nucleic Acid Gel Stain (10,000× in Water) YeaRed 核酸染料（10,000× 水溶液） | ||
Agarose琼脂糖 | ||
1x TAE Buffer，TAE 缓冲液(粉末)，PH 8.0，1L |
Not listed yet IMG Hieff NGS® Unique Dual Barcode Primer Ki...
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Not listed yet IMG 0.2 mL 96孔PCR板，白色，全裙边（NGS，伯乐款）
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Not listed yet IMG 250 μL盒装滤芯透明无菌吸头
Not listed yet IMG 荧光定量QPCR压敏封板膜，内附刮板
Not listed yet IMG 1× dsDNA HS Assay Kit 即用型dsDNA qubit定量试剂
Not listed yet IMG Qubit专用检测管
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Not listed yet IMG Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit
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