应用案例基于MGISP-960自动化平台的水稻叶片DNA文库构建方法
水稻是保障粮食安全的核心粮食作物,叶片作为其光合代谢与逆境响应的关键器官,通过基因组测序解析其基因表达规律,对水稻分子机制研究与种质改良至关重要。DNA-seq是水稻基因组研究的核心技术,而文库构建质量直接决定测序数据可靠性。传统人工建库操作繁琐、误差较大、批次差异显著,难以适配大批量样本测序需求。为解决该问题,本文建立基于自动化平台的水稻叶片DNA文库构建
水稻是保障粮食安全的核心粮食作物,叶片作为其光合代谢与逆境响应的关键器官,通过基因组测序解析其基因表达规律,对水稻分子机制研究与种质改良至关重要。DNA-seq是水稻基因组研究的核心技术,而文库构建质量直接决定测序数据可靠性。传统人工建库操作繁琐、误差较大、批次差异显著,难以适配大批量样本测序需求。为解决该问题,本文建立基于自动化平台的水稻叶片DNA文库构建方法,通过标准化自动化操作,有效规避人工误差,提升建库稳定性与通量,可为水稻高通量转录组研究提供高效可靠的技术支撑。
目的:建立适用于水稻叶片的全基因组重测序自动化建库流程
平台:MGISP-960(华大智造)
样本类型:水稻叶片
下游应用:SNP/Indel 检测、群体遗传学、分子育种
建库试剂盒:Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V4 一步法DNA酶切建库试剂盒V4
货号:12972ES
文库类型:华大
自动化简版流程
流程分类 | 流程(其他设置默认按12972说明书内容执行,说明书可依据货号在官网搜索下载) |
1 DNA片段化/末端修复/dA尾添加 | ① 加入样本,样本投入量:200 ng (人工); ② 进行片段化,片段程序选择35℃-15min。 |
2 接头连接 | 提前将接头从10 μM稀释到5 μM(人工),加入片段化产物和连接试剂,进行连接程序孵育。 |
3 连接产物纯化和分选 | ① 对连接产物进行纯化,磁珠比例为0.8×; ② 对纯化产物进行片段分选,分选1磁珠比例:0.62×,分选2磁珠比例:0.15x。 |
4 文库扩增 | 将分选产物和扩增试剂混匀,进行扩增程序富余,扩增循环数选择6 cc。 |
5 扩增产物纯化 | 对扩增产物进行纯化,磁珠比例为0.9×。 |
6 建库结束 | 建库结束,弹窗提醒人工取走文库。 |
案例结果展示(检测仪器:Qubit 4.0)
物种 | Qubit浓度(ng/μL) | 文库体积(μL) | 总产量(ng) |
水稻A | 43 | 25 | 1075 |
水稻B | 37.8 | 25 | 945 |
水稻C | 38.4 | 25 | 960 |
水稻D | 37 | 25 | 925 |
水稻E | 42 | 25 | 1050 |
水稻F | 38.8 | 25 | 970 |
水稻G | 33.8 | 25 | 845 |
水稻H | 39.6 | 25 | 990 |
片段大小图(抽检,检测仪器:Qsep)

结论:文库浓度均在30-45 ng/μL之间,片段大小在450 bp左右,满足后续上机测序需求。
相关核心产品目录
应用 | 产品货号 | 产品名称 |
RNA建库 | Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V4 一步法DNA酶切建库试剂盒V4 | |
接头 | Hieff NGS® Unique Dual Barcode Primer Kit for MGI®, Set1(板式MGI平台接头,双端唯一短接头,Set1) | |
纯化磁珠 | Hieff NGS® DNA selection Beads (Superior Ampure XP alternative)DNA纯化分选磁珠 | |
自动化耗材 | 0.2 mL 96孔PCR板,白色,全裙边(NGS,伯乐款) | |
96孔深孔板,U底(1.3 mL) | ||
250 μL盒装滤芯透明无菌吸头 | ||
荧光定量QPCR压敏封板膜,内附刮板 | ||
文库浓度测定 | 1× dsDNA HS Assay Kit 即用型dsDNA qubit定量试剂 | |
Qubit专用检测管 | ||
核酸定量仪荧光计Qubit(单通道) | ||
文库条带大小检测 | GoldBand 100 bp plus DNA Ladder | |
YeaRed Nucleic Acid Gel Stain (10,000× in Water) YeaRed 核酸染料(10,000× 水溶液) | ||
Agarose琼脂糖 | ||
1x TAE Buffer,TAE 缓冲液(粉末),PH 8.0,1L |
站内暂未收录 · 可询价 图 Hieff NGS® Unique Dual Barcode Primer Ki...
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站内暂未收录 · 可询价 图 0.2 mL 96孔PCR板,白色,全裙边(NGS,伯乐款)
站内暂未收录 · 可询价 图 96孔深孔板,U底(1.3 mL)
站内暂未收录 · 可询价 图 250 μL盒装滤芯透明无菌吸头
站内暂未收录 · 可询价 图 荧光定量QPCR压敏封板膜,内附刮板
站内暂未收录 · 可询价 图 1× dsDNA HS Assay Kit 即用型dsDNA qubit定量试剂
站内暂未收录 · 可询价 图 Qubit专用检测管
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站内暂未收录 · 可询价 图 GoldBand 100 bp plus DNA Ladder
站内暂未收录 · 可询价 图 Agarose琼脂糖
站内暂未收录 · 可询价 图 Hieff NGS® Fast Tagment DNA Library Prep...
站内暂未收录 · 可询价 图 Hieff NGS® C112P1 Fast Tagment DNA Libra...
站内暂未收录 · 可询价 图 Hieff NGS® Fast-Pace DNA Cyclization Kit
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