若 PCR 产物为 Taq 酶扩增则选择 TOPO-TA 克隆载体系列,若 PCR 产物为高保真酶扩增则选择 Blunt 载体系列,Simple 载体不含多克隆位点区,可根据需求在 PCR 扩增时添加自己需要的酶切位点。
克隆FAQ
建议采用新鲜的 PCR 产物会使连接效率更高一些,若是-20℃保存的一周内还可以使用。请避免PCR 产物的反复冻融和降解。
先对 PCR 产物跑胶鉴定,若是 PCR 产物电泳条带单一、浓度较高且无引物二聚体可直接进行连接反应。若是有杂带或引物二聚体建议纯化之后再进行连接反应。
TOPO 克隆主要用于构建克隆载体,应用于目的基因的复制,保存或测序等;一步法克隆可用于构建克隆或表达载体,点突变,多片段克隆等。
没有启动子,因为TOPO 载体是克隆载体。氨苄抗性。
a)可以提供全序列。b)不能用客户的载体,试剂盒中已带有偶联TOPO 异构酶的载体。
无需特殊处理,但为了保证阳性率,最好进行胶回收纯化。
两者不建议混合使用。
不可以,TOPO 异构酶具有限制性内切酶活性,时间过长会重新切割重组质粒,建议反应时间不超过 5min。
a)验证过 5kb,一般片段越大,难度系数也会更高些。b)不能插入多片段,只能单个片段的插入。
都可以替代。①与全式金 TOPO 克隆的区别:a)全式金没有自杀基因,需要蓝白斑筛选,翊圣的有自杀基因, 不需要筛选。②全式金的组分带有通用引物和感受态细胞,翊圣不含有,客户需额外准备。与 Takara T 载体的区别:原理不一样,Takara 试剂盒利用的是 T4 连接酶,翊圣是 TOPO 异构酶…
不一致。短接头建库:接头连接时候是连接一样的双端接头 PE Adapter,后期进行文库扩增再利用不同的 Index Primer 扩增出完整携带不同的 DNA 文库。长接头建库:接头连接时候的连接的是带有不同 Index 的完整接头,后期扩增的时候再用两端的通用引物Primer Mix 扩增完整的…
碱基平衡,荧光平衡(详情可查看翊圣生物公众号微信软文 一文全面解析 NGS 接头的奥秘 )
长接头带完整的 index 序列,所以接头连接的时候直接完成文库构建,此时如果文库浓度达到测序要求,那么可以直接PCR-Free 建库;短接头建库,接头连接步骤双端同时连接相同的 PE Adapter。序列如下:PE Adapter for Illumina:5 -/5Phos/ GATCGGAAG…
不是的,双端的 i5 端有 16 种 index,i7 端有 24 种 index,两者组合之后可以达到 384 种 index 组合.单端/双端 index 接头示意图如下:
不可以,Ligation Enhancer 内含高浓度的 PEG,会对分选造成显著影响,所以接头连接后如果进行片段分选必须先纯化。
插入片段的3' 末端与载体的5' 末端之间有一个缺刻,可在大肠杆菌中自动进行修复。