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10623ES IVT的反应过程中出现沉淀的原因是什么,怎么优化?

Q:

10623ES IVT的反应过程中出现沉淀的原因是什么,怎么优化?

内部有研究过这个沉淀,是镁离子、RNA、钠离子和焦磷酸镁的聚合物,且有个凝聚作用,聚团会不断变大(类似的胶状、絮状、颗粒沉淀都是类似原理), 加水和加EDTA的效果类似也佐证了这个说法。原因:1.Mg离子浓度过高会和焦磷酸聚集形成焦磷酸镁沉淀,但是具有聚合作用,不断地包裹核酸形成胶状物导致产量下降。2.RNA产量较高也会析出沉淀。
这种沉淀的产生是偶然性的,与序列设计也有很大关系。
解决办法:(1)减少镁离子的浓度,但会牺牲产量,需要增加T7酶用量以及延长反应时间(从2h,延长到3-4h);(2)NTP的存在形式(镁离子浓度高,例如46mM是不会挑NTP的,但当镁离子浓度降低,NTP(Tris盐形式)产量无太大变化,三Na形式的NTP产量下降明显。

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