TechniquesCUT&Tag还是ChIP-seq？

最近收到一些客户疑问，为什么现在做CUT&Tag技术的人更多？ChIP-seq还有必要做吗？

ChIP-seq作为研究蛋白质与DNA互作的经典技术，迄今为止仍然被大多数的客户在使用且在文章见刊。但是CUT&Tag作为该研究的新秀，也是崭露头角，光芒正盛。当然，小翌觉得CUT&Tag技术这个新秀光芒正盛，是自身实力也有市场发展需求的影响。

CUT&Tag技术于2019年问世，问世以来，受到热捧。但是最初，CUT&Tag技术有被质疑，原因在于，CUT&Tag技术在做一些转录因子时，结果不太理想，导致一些声音怀疑CUT&Tag实验是否适用于转录因子。但是果真如此吗？目前报道的CUT&Tag成功实验的转录因子已经很多，包括CTCF、RNA polII、SOX15、RUNX1、JUN、CCKBR等，甚至G4结构、R-loop的也能成功实验。

那为啥CUT&Tag做转录因子就这么难？

那么，转录因子用ChIP-seq方式来做就不难么？

转录因子本身做ChIP-seq实验成功率就不高，需要优化实验条件，那为啥CUT&Tag实验就不能去做优化？

扯远了，回归话题，CUT&Tag技术为什么越来越受到重视？

前面说到了CUT&Tag技术的技术实力：不仅组蛋白修饰能做好，转录因子也能够很好实验。另外，CUT&Tag技术实验背景信号低、实验重复性好、实验操作时长短等等，都是优势。

除此之外，CUT&Tag技术还能迎合市场需求，像现在较为火热的单细胞技术、空间组学研究等，CUT&Tag技术都能与之配合。同时，CUT&Tag技术还能同时做多个靶点研究。

图1.空间CUT&Tag实验流程及验证标准（From Deng Y, et al. Science,2022）

图2.小鼠脑组织的scCUT&Tag不同组蛋白修饰图谱（From Bartosovic M, et al. Nat Biotechnol. 2021）

图3.scCUT&Tag+scRNA-seq技术Paired-Tag总概（From Zhu C, et al. Nat Methods. 2021）

图4.CUT&Tag2for1实验流程及结果展示（From Janssens DH, et al. Genome Biol. 2022）

拥有这么多技能的CUT&Tag技术，你会选择么？

图5.Spike in校正后，更能反映数据的真实性

图6.Spike in校正后，基因富集更明显

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Kaya-Okur, H. S., Wu, S. J., Codomo, C. A., Pledger, E. S., Bryson, T. D., Henikoff, J. G., ... & Henikoff, S. (2019). CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells.Nature communications,10(1), 1930.