全基因组SNP芯片做病例对照，DNA浓度太低能上机吗？

10-20 ng/μL、总量不到1μg的情况不建议直接按标准protocol上机。先看A260/A280和电泳，确认DNA完整度没有严重降解。如果只是浓度低、杂质少，可以真空离心浓缩到50 ng/μL左右，但浓缩时间别过长，避免盐类和EDTA也被浓缩影响酶切效率。总量不到1μg的问题浓缩解决不了，需要重新提取或合并同一样本提取产物。如果是罕见样本无法补提，可以考虑全基因组扩增，但必须把扩增样本和未扩增样本随机分布在不同批次，并在统计时把扩增作为协变量。先选5-8个低浓度样本小试上机，看call rate是否在平台接受范围内，再决定大批量方案。

200份病例对照样本，建议至少留5-6个重复样，约2-3%，可以是同一份DNA分装成两管标记不同编号，也可以选3个病例3个对照做技术重复。空白对照每板放1-2个，一般加TE或洗脱液，不做WGA，用于监控板间污染。再放1-2个标准参考DNA如NA12878或Coriell细胞系DNA，用来监控芯片批次和扫描仪漂移。低浓度样本不要集中在某一板，容易产生板效应。数据分析时先用PLINK或GenomeStudio做call rate筛选，低于95%的样本和低于98%的SNP位点剔除，再看重复样一致性是否达到99%以上。

稀释不会增加总量，只改变浓度，比如你把50 ng/μL稀释到25 ng/μL，若总量本来就不够，仍不满足上机要求。浓缩如果采用乙醇沉淀，可能让蛋白质、RNA或盐类共沉淀，导致OD测量虚高、酶切或杂交效率下降，分型时易出现等位基因缺失或cluster散开。比较好的做法是用Qubit或PicoGreen做真实dsDNA定量，不要只看Nanodrop。若浓缩后A260/A280明显偏离1.8-2.0，先纯化再浓缩。对于200份样本，建议分组处理时记录每份样本的提取批次、浓度、浓缩方法，后面做质控时按这些变量排查异常样本。