Q:
RCA产物如何验证?可以用什么方法分析?
RCA产物的验证可通过以下方法:
(1)限制性内切酶消化+琼脂糖凝胶电泳:在环状模板中设计单一切割位点,RCA产物经酶切后应产生均一长度的条带,可直观判断产物是否正确。这是最常用的验证方法。
(2)荧光染料检测:使用SYBR Green或PicoGreen等dsDNA荧光染料,在反应体系中直接检测荧光信号,可实时监测RCA进程。
(3)琼脂糖凝胶电泳直接上样:RCA产物可在琼脂糖凝胶中观察——高分子量产物的迁移位置靠近加样孔,呈现涂抹状或集中在孔口。
(4)Nanodrop/Qubit定量:定量测定DNA浓度,判断扩增产量。Qubit因使用荧光染料法,比Nanodrop的A260法更准确(不受核苷酸干扰)。
(5)测序验证:如有条件,可将RCA产物进行Sanger测序或NGS测序,验证产物序列的准确性。