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Techniques如何跑好琼脂糖凝胶电泳？这3项必备：琼脂糖、核酸染料、DNA marker

📂 克隆系列 Type ID 5006

👁 14,958 views 🗓 2026-10-12 Source ID：3054

琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法,常用于DNA切胶回收,DNA分离和用于佐证DNA是否重组、质粒等是否切开。琼脂糖凝胶电泳的分析原理与其他支持物电泳最主要区别是它兼有“分子筛”和“电泳”的双重作用。

Source: Yeasen Biotech ｜ Original: https://www.yeasen.com/solutiondetail/3054 ↗

琼脂糖凝胶电泳是用琼脂糖作支持介质的一种电泳方法，常用于DNA切胶回收，DNA分离和用于佐证DNA是否重组、质粒等是否切开。

琼脂糖凝胶电泳的分析原理与其他支持物电泳最主要区别是它兼有“分子筛”和“电泳”的双重作用。作为分子筛的琼脂糖凝胶具有网络结构，物质分子通过时会受到阻力，不同大小的DNA分子带电情况不同，在电场中受力也不同，因此从负极向正极迁移的速度不同。大分子物质在涌动时受到的阻力大，因此在凝胶电泳中，带电颗粒的分离不仅取决于净电荷的性质和数量，而且还取决于分子大小，这就大大提高了分辨能力。

如何跑好琼脂糖凝胶电泳？这3项必备：琼脂糖、核酸染料、DNA marker。

琼脂糖——虽然我不甜，但还是想要你宠我

琼脂糖（Agarose）是纯化的线性半乳聚糖亲水胶体，提取自琼脂或者含琼脂的海藻，结构上是一种线性聚合物，由β-D-吡喃半乳糖（1-4）连接3,6-脱水α-L-吡喃半乳糖基构成。

琼脂糖基本参数

硫酸盐含量（sulfate content）——纯度指标；

凝胶强度（gel strength）——施加于凝胶使之断裂的外力；

胶凝点（Gel point）——水溶性琼脂糖溶液冷却后形成凝胶时的温度；

电内渗（EEO）——液体穿透凝胶的一种电动运动。琼脂糖凝胶内的阴离子基团吸附在基质上不会发生迁移，但是解离的阳离子就会朝负极迁移，从而产生电渗。由于样本的电泳迁移通常是朝正极移动，因此EEO产生的内部对流会干扰分离效率。

注：图示为翌圣琼脂糖10208ES60产品展示图。

所以，根据琼脂糖的基本参数，优质的琼脂糖凝胶应该胶孔清晰、胶体不易断，具备纯度高（硫酸盐含量低）、凝胶强度大、胶凝点相对高（常温条件下凝固快）、电内渗低等特点。不同大小的目的片段也对应着不同大小的琼脂糖浓度，根据高浓度适合分离小片段原则，可参考下表找到合适自己的最佳胶浓度。

核酸染料——无毒无公害，核酸尽显形

琼脂糖凝胶电泳必然离不开核酸染料的加持，溴化乙锭（Ethidium bromide，EB）是应用最早的、最成熟的核酸染料，并且由于其价格便宜、灵敏度高，早期被实验者广泛应用。但其分子量小，很轻易就能穿透细胞膜，属于诱变剂，具有高致癌性，对人体潜在危害非常大。实验者使用时需要谨慎再谨慎，另外，单独的EB区占用了实验室的大块空间，废胶、废液的处理费时、费力又费钱，以及不小心碰到EB区的东西可能再也不能重见天日了，真是让人又爱又恨。

随着技术的发展，人们对健康与环境安全的重视，无毒核酸染料应运而生。

那么，市面上宣称的无毒核酸染料真的无毒吗？除了无毒还有什么优势呢？带着这些问题，可以参考翌圣YeaRed，一款替代EB的安全无毒核酸染料，来作为选择依据。

YeaRed是翌圣生物研发的一种新型无毒核酸染料，具有独特的油性大分子结构，不能穿透细胞膜进入细胞内，不易挥发升华，人体不会吸入，从而最大程度上保证了实验者安全。另外，YeaRed核酸染料进行了Mini-Ames试验，检测结果为阴性，即在凝胶染色浓度下YeaRed核酸染料无毒性。（具体检测报告可向我公司技术咨询）

产品性能测试

图1. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件：120 V，30 min。样品为2000 DNA Marker，1-5上样量分别为1-5 uL。

客户反馈

★复旦大学

图2. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件：120 V，30 min。Marker：DS2000。目的片段：550 bp。

★中国医学科学院血液学研究所

图3. 核酸染料YeaRed的琼脂糖凝胶电泳图。电泳条件：150 V，30 min。2%琼脂糖胶。Marker：2000 DNA Marker。目的片段：350 bp。

DNA Marker——琼脂糖凝胶电泳标尺

DNA Marker是分子量不同的DNA片段的组合，主要用途为DNA分子凝胶电泳时，与样品共同加入凝胶中进行电泳分离，通过样品条带与DNA Marker对应条带大小及亮度的对比，可以粗略估算样品DNA分子量的大小以及在溶液中的浓度。

目前翌圣生物DNA Marker分子量大小范围覆盖了从50 bp到15 kb的DNA片段，符合绝大多数实验需求。

产品特点

❖ 稳定性强，可在室温保存3-6个月；

❖ 背景干净、带型稳定、大小精准；

❖ 含指示带，各条带浓度已知，便于定位及半定量分析；

❖ 已含上样缓冲液，可直接电泳，方便快捷；

❖ 附有5×loading buffer，可供样品加样使用。

使用翌圣核酸电泳系列产品已发表的部分文献

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[1] Wang Y, Fu Z, Li X, et al. Cytoplasmic DNA sensing by KU complex in aged CD4+ T cell potentiates T cell activation and aging-related autoimmune inflammation. Immunity. 2021;54(4):632-647.e9. doi:10.1016/j.immuni.2021.02.003(IF:31.745)

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[5] Lin Q, Huang Z, Ye X, et al. Lab in a tube: Isolation, extraction, and isothermal amplification detection of exosomal long noncoding RNA of gastric cancer. Talanta. 2021;225:122090. doi:10.1016/j.talanta.2021.122090(IF:6.057)

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[8] Zhang Y, Ding H, Wang X, et al. MK2 promotes Tfcp2l1 degradation via β-TrCP ubiquitin ligase to regulate mouse embryonic stem cell self-renewal. Cell Rep. 2021;37(5):109949. doi:10.1016/j.celrep.2021.109949(IF:9.423)

[9] Zhu Z, Zhang L, Sheng R, Chen J. Microfluidic-Based Cationic Cholesterol Lipid siRNA Delivery Nanosystem: Highly Efficient In Vitro Gene Silencing and the Intracellular Behavior. Int J Mol Sci. 2022;23(7):3999. Published 2022 Apr 3. doi:10.3390/ijms23073999(IF:5.924)

[10] Zhao C, Yang D, Ye Y, et al. Inhibition of Pim-2 kinase by LT-171-861 promotes DNA damage and exhibits enhanced lethal effects with PARP inhibitor in multiple myeloma. Biochem Pharmacol. 2021;190:114648. doi:10.1016/j.bcp.2021.114648(IF:5.858)

[11] Yu J, Yang W, Xing S, et al. Blended gold/MnO2@BSA nanoparticles for fluorometric and magnetic resonance determination of ascorbic acid. Mikrochim Acta. 2019;186(2):89. Published 2019 Jan 10. doi:10.1007/s00604-018-3205-8(IF:5.479)

[12] Zheng X, Xu W, Sun R, Yin H, Dong C, Zeng H. Synergism between thioredoxin reductase inhibitor ethaselen and sodium selenite in inhibiting proliferation and inducing death of human non-small cell lung cancer cells. Chem Biol Interact. 2017;275:74-85. doi:10.1016/j.cbi.2017.07.020(IF:5.194)

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