cfDNA靶向测序Panel对低频突变检出效果怎么样？

10ng cfDNA起始可以做，但0.1% VAF稳定检出对体系和数据量要求很高。不要只看厂家示例，建议用0.5%、0.1%、0.05%标准品稀释系列实测，计算去重后深度和重复性。去重后深度比下机数据量更关键，0.1%建议去重后至少3000x以上，实际需要多少G要按panel大小和中靶率倒推。GC偏高区域确实容易深度不足，会直接影响低频突变判断，关键基因的高GC外显子要单独统计覆盖，必要时补测或增加数据量。

打包买和拆开买各有利弊。10ng低起始量cfDNA对建库效率非常敏感，打包方案通常做过体系优化，售后和技术支持更顺畅，但价格不一定低。拆开买灵活，可选用自己熟悉的建库试剂，但需要自己做体系验证，试错成本不低。建议让厂家同时报Panel-only和Panel+建库完整方案，折算到单样本，并要求提供低起始量建库产率、去重后覆盖等数据。没有很强湿实验经验时，优先选打包方案，至少首轮测试更稳。

选型时重点看UMI设计、中靶率、脱靶率、覆盖均一性和GC bias。双端UMI对低频突变降噪通常更有优势。可以让2-3家供应商用同一套标准品和真实cfDNA样本做小样测试，比较0.1%附近变异的检出情况和去重后深度，不要只看厂家给出的数据。操作上需注意交叉污染和index hopping，尽量用双index。如果某些高GC区域覆盖不足且包含关键基因，可要求厂家补强探针，而不是接受整板覆盖下滑。最终按实测结果决定下机数据量。