低起始量FFPE样本用哪家建库试剂盒比较稳？

10 ng FFPE DNA 建库，不建议只看品牌，优先找针对 FFPE 和低起始量优化过的试剂盒，包含酶切片段化和 U 型接头是加分项。我这边用过国产某家低起始量盒，有 24 次小包装试用，货期本地代理一般 3-5 天；但 FFPE 样本差异大，先拿同一批 10 ng DNA 做 2 次平行建库，重点看预扩增循环数、文库主峰是否在 250-350 bp、qPCR 产量。若产量仍低，检查 DNA 是否过度交联/片段太短，建库前用 Qubit 和片段分析仪看一下，而不是只按 10 ng 投量。U 型接头要确认适配后续捕获或测序平台，避免买错。

从供应商对比角度，我会把“是否有 FFPE 修复/单链修复模块”“酶切片段化是否包含”“U 型接头是否预混合”“是否含纯化磁珠”“是否提供 50 次以下试用装”列成表来选。低起始量 FFPE 建库容易在末端修复和连接效率上掉产量，所以不能只看品牌名气，要看配方是否针对降解和胞嘧啶脱氨。建议找国产品牌申请 12/24 次试用装，要求提供一张实际 FFPE 样本的文库 trace 才算数。货期方面，有现货的代理一般一周内能到，进口可能更久。试用时最好同时用好的 DNA 质控样本做对照，排除操作环节问题。

我的经验是 10 ng 起始量 FFPE 建库失败，至少有三分之一原因不在试剂盒，而在前期核酸处理和定量。FFPE DNA 往往有很多单链断裂和片段化，片段主峰可能只有 200 bp 左右，这时可以缩短酶切时间甚至跳过片段化，直接进入末端修复，能明显提高文库产量。建库后如果文库浓度偏低，先不要盲目加循环数，过扩增会导致复杂度下降。试剂盒方面，选有低起始量优化、含 U 型接头的 24 次小包装，到货后用文库摩尔浓度和 qPCR 产量初步评估，再上机抽测一小部分看 duplication 和覆盖情况。货期可以多问几家本地代理，国产有现货的当天或次日能发。